Закон «О  НДС» статья 6, часть 1 пункт 23 устанавливает: «Налогом не облагаются следующие поставки товаров и услуги: продажа недвижимой собственности, за исключением  продажи неиспользованной недвижимой собственности и продажи земли под застройку»;

В статье 1, части 16 закона «О НДС» сказано, что неиспользованная недвижимая собственность - это:

a) новопостроенное здание или строение (также вмонтированное в него стационарное оборудование), если оно после приемки в эксплуатацию не используется,

b) новопостроенное здание или строение (также вмонтированное в него стационарное оборудование), если его используют и в первый раз продают в течение года после приемки в эксплуатацию,

c) здание или строение, если после завершения работ по реновации, реконструкции или реставрации не используется,

d) здание или строение, если после завершения работ по реновации, реконструкции

или реставрации его используют и в первый раз продают в течение года после приемки в эксплуатацию,

e) объект незаконченного строения — здание или строение, если оно не принято в эксплуатацию,

f) здание или строение, если для него выполняют реновацию, реконструкцию или реставрацию, но оно еще не принято в эксплуатацию.

Следовательно, в этом случае продажа недвижимой собственности – это необлагаемая  сделка и, выписывая счет, НДС не применяется.

Но НДС придется корректировать в соответствии с законом «О НДС» (статья 10, часть 4, пункт 6):
если недвижимую собственность  (или ее часть) продают в течение 10 лет после ее приобретения или приемки в эксплуатацию, облагаемое лицо возвращает в бюджет сумму предналога, которую рассчитывают, умножив одну десятую часть от отчисленного предналога  на количество лет, которое осталось до упомянутых 10 лет.
Эту возвращаемую сумму включают в стоимость недвижимой собственности, и покупатель не имеет право ее отчислять как предналог.