В соответствии  со статьей 1  пунктом  24  закона «О налогах и пошлинах»,  структурное подразделение  - это территориально отделенная хозяйственная единица юридического лица или образованных на основании договора или соглашения групп физических и юридических лиц и их представителей (другого лица), по месту нахождения которой осуществляется хозяйственная деятельность в Латвийской Республике или за ее пределами. Структурное подразделение не имеет статуса юридического лица. Структурным подразделением считается также размещенные во всеобщей сети системы торговли товарами или услугами и приема или комплектации заказов, у которых имеется сайт и система регистрации пользователей, система заказов или расчетная система, поддерживающее которую лицо находится в Латвийской Республике или за ее пределами.

В статье 1 части 3 Коммерческого закона  оговорено, что хозяйственная деятельность – это любая постоянная, систематическая деятельность, которая ведется за вознаграждение.

Из того, что Ваша вторая квартира сдается в аренду и ежемесячно взимается арендная плата, а также коммунальные платежи Вы списываете как хозяйственные расходы, следует, что там систематически ведется хозяйственная деятельность.
Значит, эту квартиру необходимо зарегистрировать, как структурное подразделение Вашего предприятия.