В соответствии со статьей 25 закона «О НДС», местом предоставления услуг, связанных с недвижимой собственностью, в том числе, услуги посредников и экспертов, которая связана со сделкой с недвижимой собственностью, услуги по размещению гостей, услуги аренды недвижимой собственности, строительные услуги, услуги подготовки строительных работ (в том числе услуги архитекторов), услуги координации и надзора строительных работ является то место, где эта недвижимая собственность находится.

Таким образом, в Вашем случае местом предоставления услуги является Эстония.

Перед предоставлением услуги Вам надо было выяснить, не следует ли Вам зарегистрироваться плательщиком НДС в Эстонии и применять к сделке нормы НДС Эстонии.

Так как Вы не зарегистрированы плательщиками НДС в Эстонии, то сделку необходимо указать в строке 48.² декларации НДС и расшифровать в III части приложения НДС 1.

Если поставщик услуги – субподрядчик, который не зарегистрирован как плательщик НДС в Эстонии, выписывает счет латвийской фирме, которая тоже не зарегистрирована плательщиком НДС в Эстонии, тогда к сделке НДС не применяют, сделку указывают в строке 48.² декларации НДС, расшифровывают в III части приложения НДС 1. Только в этом случае должны быть неопровержимые документальные доказательства того, что услуга действительно была предоставлена в связи с недвижимой собственностью, которая находится в Эстонии. Если таковых доказательств нет, тогда необходимо применять стандартную ставку НДС 21%.