Если предприятие совершает и облагаемые, и необлагаемые сделки, предналог можно отчислять за такую часть, которая относится к облагаемым сделкам. Поэтому в вашем упомянутом случае нужно рассчитывать пропорцию части отчисляемого предналога НДС.

Пропорцию рассчитывают  в соответствии с частью 10, статьи 10 закона «О НДС»:

Если приобретенные товары или полученные услуги используются для совершения и облагаемых, и необлагаемых сделок, и для обеспечения функций государственной исполнительной власти и, если не обеспечен их отдельный учет, часть отчисляемого предналога в таксационном периоде рассчитывают, используя следующую пропорцию:

- в числителе — стоимость совершенных облагаемых сделок без налога (включая стоимость таких сделок, которые облагаются 0-процентной ставкой налога);

- в знаменателе — общая стоимость совершенных  сделок без налога.

Упомянутую пропорцию можно не применять, если обеспечен учет таких товаров и услуг, которые используются для совершения облагаемых или необлагаемых сделок (статья 10,  часть 9 закона «О НДС»).

Вводя раздельный учет (методику) для отчисления предналога, можно использовать другие обоснованные способы расчета пропорции, которые могут быть также пропорцией между площадью помещений, которые используются для обеспечения облагаемых и необлагаемых сделок.