Получая товар из ЕС  вы указываете рассчитанный налог  и предналог в 56 и 64 строках декларации НДС, но Вам еще надо указывать стоимость

приобретенного товара в 51 строке декларации.

Начисленный налог за импорт товара, к которому применяется особый налоговый режим уплачивается в бюджет с указанием налога в

налоговой декларации за тот период таксации, в котором товары выпущены в свободное обращение (статья 12 часть 2¹ закона "О НДС").
Это значит, что сумма начисленного НДС по ставке 10% указывается в 53 строке декларации и рассчитывается из таможенной стоимости импортированных товаров, к которой добавляются следующие расходы (статья 2, часть 8 закона "О НДС"):

-  расходы на транспортировку, упаковку и страхование товаров, которые возникают до первой конечной цели на внутренней территории страны;

   -  стоимость услуг, связанных с импортированием товаров,  не включенных  в таможенную стоимость,  в том числе комиссионные, а также

   -  расходы на транспортировку товаров до получателя товаров в другом государстве, если данное место известно в момент импортирования товара.

Если в международной товарно-транспортной накладной  нет указания  конкретного конечного пункта, то при определении стоимости услуги по

транспортировке товара местом получения товара считается адрес получателя товара, указанный в таможенной декларации;  

 -  установленные нормативными актами налоги, пошлины и другие обязательные платежи, начисленные за ввоз товаров, за исключением НДС.

Если в момент импортирования товара фактическая стоимость услуг неизвестна или после получения налогового счета от поставщика  она отличается от стоимости услуги, указанной в таможенной декларации, то получатель товаров дополнительно начисленный налог за полученную 

услугу (разницу между стоимостью, указанной в налоговом счете поставщика  и в налоговой декларации) рассчитывает и уплачивает в бюджет при подаче налоговой декларации за тот период таксации, в котором получена услуга и налоговый счет (статья 12, часть 2⁴  закона "О НДС").

Облагаемое лицо имеет право в налоговой декларации отчислить предналог от налога, подлежащего уплате в бюджет в соответствии с особым

налоговым режимом   по импорту товаров  ввезенных в Латвию. Сумма отчисленного предналога отражается в 61 строке декларации НДС (статья 10, часть 1,пункт  2¹закона).

Так что фининспекция вполне оправданно требует от Вас выполнения норм закона "О НДС".